Морские экосистемы России в значительной степени подвержены воздействию человека. Около десяти процентов всего населения России живет на морских побережьях, они используются как места отдыха десятков тысяч людей, в качестве пунктов транзита различных грузов, нефти, газа, здесь строятся порты и предприятия. Поэтому антропогенное воздействие на морские экосистемы имеет комплексный характер, а значит, и многочисленные тяжелые последствия.

Наиболее пагубно такое влияние сказалось на экосистемах Балтийского, Каспийского, Черного морей. Положение же Азовского моря можно характеризовать как экологическую катастрофу конца XX века. Баренцево и Белое моря пока пострадали от человеческой деятельности в меньшей степени.

В России имеется единственный исключительно морской заповедник - Дальневосточный. Помимо него, охрана морской природы осуществляется также еще в восьми заповедниках и двух заказниках Дальнего Востока, двух арктических заповедниках, двух заповедниках и одном заказнике на Баренцевом и Белом морях, двух заповедниках Каспийского моря.

Российские моря обладают своими уникальными чертами:

1) высокая продуктивность морей;
2) сосредоточение запасов промысловых рыб мирового значения (минтай, тихоокеанские лососи, камчатский краб);
3) большие запасы трески в акртических и тихоокеанских водах;
4) самое выосокое разнообразие осетровых и лососевых рыб;
5) включают важнейшие пути миграций морских млекопитающих и птиц северного полушария;
6) наличие уникальных экосистем (например, реликтовая экосистема озера Могильного).

Наибольшую угрозу для морских экосистем представляют следующие факторы:

-чрезмерная эксплуатация мосрких биологических ресурсов, что приводит к их истощению;
-загрязнение моря, нарушение естественных экологичеких процессов;
-загрязнение рек, впадающих в моря.

Программа по охране морской природы предусматривает следующие пути смягчения, а также предотвращения указанных угроз:

-реформа рыболовства, организация и развитие устойчивых методов рыболовства, не истощающих ресурсы морей (развитие в России добровольной экологической сертификации морского рыболовства по системе Морского попечительского совета (MSC));
-привлечение местного населения к участию в управлении береговой зоной;
-борьба с морским браконьерством;
-создание, развитие, поддержка особо охраняемых природных территорий;
-проведение предварительной экологической оценки проектов по добыче нефти и газа на шельфе.